Perkembangan sains dan teknologi yang sangat cepat dan pesat memberikan tantangan dan peluang bagi pendidikan agama Islam di Indonesia. Kehadiran pendidikan agama Islam yang kreatif dan inovatif di tengah keragaman bangsa Indonesia menjadi keniscayaan guna mewujudkan kehidupan berbangsa dan bernegara yang religius, beradab, penuh toleransi, dan saling menguatkan antara satu dengan yang lain. Karena itu dibutuhkan para ahli pendidikan agama Islam yang profesional dan memiliki wawasan yang inklusif dan berkemajuan.
Program Doktor PAI Direktorat Pascasarjana Universitas Muhammadiyah Malang (UMM) hadir untuk menjawab tantangan tersebut, dan bersiap diri melahirkan para lulusan bergelar Doktor yang mampu membaca, mengidentifikasi, mengkritisi perbagai persoalan pendidikan agama Islam, serta mampu memberikan solusi yang kreatif dan inovatif dengan pendekatan inter, multi, dan trans disipliner dengan wawasan Islam inklusif dan berkemajuan.